相続税が発生するほどの財産じゃなかったから関係ない？

いいえ、所得税・住民税が安くなる可能性があります。相続人の当年中の所得（相続した金額は含みません）によって税金が発生する場合には、普通の寄付と同様に寄付金控除（税制上の優遇措置）を適用できます。